Ο σταθμάρχης, ο οποίος έχει συλληφθεί στην αστυνομική διεύθυνση Λάρισας, φέρεται να υποστήριξε στους αστυνομικούς ότι έδωσε εντολή για αλλαγή τροχιάς αλλά αυτή δεν υλοποιήθηκε από το σύστημα.
Όπως αναφέρουν αρμόδιες πηγές αν ο σταθμάρχης είχε αντιληφθεί ότι το επιβατικό τρένο κινείτο στην ίδια γραμμή με το εμπορευματικό θα είχε δώσει εντολή και στα δύο να ακινητοποιηθούν πριν να προσεγγίσουν το ένα το άλλο δεδομένου ότι η σύγκρουση έγινε περίπου 25 χλμ. από τον σιδηροδρομικό σταθμό Λάρισας και το σημείο της αλλαγής τροχιάς. Σε κάθε περίπτωση από τον ΟΣΕ έχει ζητηθεί και αναμένεται η απομαγνητοφώνηση πιθανής συνομιλίας μεταξύ σταθμάρχη και μηχανοδηγών.